La temporada 1998-99 fue una campaña de debut dramática, histórica y, en última instancia, devastadora para el Villarreal en la máxima categoría, ya que El Submarino Amarillo terminó en un aplastante 18º puesto en La Liga, lo que resultó en el descenso a través de un tenso repechaje. Habiendo alcanzado la primera división por primera vez en su historia, la temporada estuvo marcada por una desesperada lucha por la supervivencia a pesar de los prolíficos esfuerzos del delantero rumano Gheorghe Craioveanu, cuyos 13 goles cruciales fueron fundamentales. Este año turbulento marcó la entrada inicial y dolorosa del club en la élite española, pero sigue siendo un capítulo definitorio y fundacional que precedió a su famoso regreso y posterior consolidación como una fuerza europea.