La campaña 1998-99 fue una temporada histórica para el Bayer Leverkusen, ya que Die Werkself consiguió un brillante segundo puesto en la Bundesliga, su posición más alta en la liga hasta ese momento, lo que aseguró la primera clasificación del club para la fase de grupos de la UEFA Champions League. Liderando la ofensiva estuvo el prolífico delantero Ulf Kirsten, cuyos 19 goles fueron el pilar de un ataque de alta anotación e incluyeron un memorable hat-trick en una demolición récord de 8-2 como visitante contra el Borussia Mönchengladbach. Aunque el Bayern Múnich dominó la cima, este año consolidó el lugar del Leverkusen entre la élite, marcando la crucial transición a Fußball GmbH y la emotiva última aparición de la leyenda del arco del club, Rüdiger Vollborn. La campaña 1999-00 fue un agonizante casi logro para el Bayer Leverkusen, ya que Die Werkself terminó en un aplastante segundo puesto en la Bundesliga, perdiendo el título por diferencia de goles ante su rival Bayern Múnich en la última jornada. Entraron al último partido necesitando solo un empate para su primer título de liga, pero cayeron en una devastadora derrota por 2-0 contra el recién ascendido Unterhaching, siendo el revés definitivo un cruel gol en propia puerta del emergente mediocampista central Michael Ballack. Liderando la línea estuvo el legendario delantero veterano Ulf Kirsten, cuyos 17 goles en liga fueron el pilar del prolífico ataque. Fue un año definido por la espectacular desilusión en la carrera por el título, un resultado que consolidó el doloroso apodo de "Neverkusen" y sigue siendo un capítulo definitorio en la historia de casi logros del club.