La campaña 1998-99 trajo un triunfo doméstico para el Bayern Múnich, ya que Der FCB, liderado por el entrenador Ottmar Hitzfeld, conquistó el título de la Bundesliga. Liderando el ataque estaba la potente dupla de Carsten Jancker y Giovane Élber, quienes anotaron 13 goles cada uno en la liga, en una temporada construida sobre una consistencia implacable y un liderazgo veterano. Fue una temporada de gloria casi histórica, ya que también ganaron la Ligapokal y llegaron de manera memorable a la final de la UEFA Champions League, donde perdieron agónicamente 2-1 ante el Manchester United tras encajar dos dramáticos goles en tiempo de descuento, un partido que sigue siendo uno de los capítulos más definitorios en la historia europea del club. La campaña 1999-00 fue una temporada de dominio doméstico definitivo para el FC Bayern Múnich, ya que Der FCB conquistó un glorioso doblete de Bundesliga y DFB-Pokal. Bajo la magistral dirección de Ottmar Hitzfeld, aseguraron su segundo título de liga consecutivo de manera dramática, ganando el título sobre su rival Bayer Leverkusen por diferencia de goles después de que ambos equipos terminaran empatados con 73 puntos. Liderando el formidable ataque estaba el prolífico delantero brasileño Giovane Élber, cuyos 14 goles en la Bundesliga fueron clave en la tabla de goleadores del equipo. El doblete se consolidó con una contundente victoria por 3-0 sobre el Werder Bremen en la final de la DFB-Pokal, lo que significó una dulce revancha por la derrota en la final del año anterior ante el mismo oponente. Aunque su recorrido europeo terminó en las semifinales de la Champions League contra el Real Madrid, este doblete histórico, junto con la victoria en la DFB-Ligapokal, consolidó el estatus del club como la fuerza inquebrantable del fútbol alemán.