La campaña 1998-99 representó un año vital de consolidación en la Serie A para el Cagliari, ya que Casteddu terminó en el puesto 13, asegurando con éxito su permanencia en la máxima categoría después del ascenso. El equipo fue una fuerza formidable en el Stadio Sant'Elia, construyendo su supervivencia sobre una excepcional forma como local que incluyó una demolición por 5-0 de la Sampdoria y una emocionante victoria por 4-3 sobre la Roma. Liderando el ataque estaba el prolífico delantero Roberto Muzzi, cuyos 16 goles cruciales en la liga lo convirtieron en uno de los cinco máximos goleadores de la Serie A esa temporada. La campaña, que también contó con el emocionante talento de Fabián O'Neill, marcó un esfuerzo decidido del club por permanecer en la liga de élite de Italia. La campaña 1999-00 representó una temporada profundamente frustrante para el Cagliari, o Casteddu, ya que lucharon en vano por mantener su estatus en la Serie A. El equipo terminó en un aplastante puesto 17 con solo tres victorias en toda la temporada, lo que resultó en un descenso inmediato a la Serie B después de solo dos temporadas en la máxima categoría. Liderando el ataque en este difícil año estuvo el delantero camerunés Patrick M'Boma, cuyos 8 goles en la liga encabezaron las tablas de goleadores para los sardos. A pesar de la presencia de talentos como Daniele Berretta y un joven David Suazo, la falta de consistencia llevó a un doloroso regreso a la segunda división, marcando un capítulo inolvidable de decepción para la fiel afición del club.