La temporada 1998-99 fue una campaña histórica para el Bayer Leverkusen, ya que Die Werkself consiguió un brillante segundo puesto en la Bundesliga, su mejor posición en la liga hasta ese momento, lo que aseguró la primera clasificación del club a la fase de grupos de la UEFA Champions League. Al frente del ataque estuvo el prolífico delantero Ulf Kirsten, cuyos 19 goles fueron el pilar de una ofensiva de alto goleo e incluyeron un memorable triplete en una histórica goleada a domicilio por 8-2 contra el Borussia Mönchengladbach. Aunque el Bayern Múnich dominó la cima, este año consolidó el lugar del Leverkusen entre la élite, marcando la crucial transición a Fußball GmbH y la emotiva última aparición de la leyenda del arco del club, Rüdiger Vollborn.