La temporada 1998-99 vio al Borussia Dortmund conseguir un crucial cuarto puesto en la Bundesliga bajo la dirección técnica de Michael Skibbe. Este sólido resultado le otorgó un codiciado lugar en las rondas clasificatorias de la UEFA Champions League, marcando el retorno de Die Schwarzgelben a la élite europea. Liderando el ataque estuvo el siempre confiable delantero veterano Stéphane Chapuisat, cuyos 8 goles fueron vitales para el equipo. La temporada, marcada por la partida a mitad de temporada del arquero Stefan Klos, vio al equipo consolidar exitosamente su posición entre los cuatro primeros y se construyó sobre la base de estrellas experimentadas como Jürgen Kohler, Stefan Reuter y Andreas Möller. Fue un año de gran determinación que marcó un exitoso regreso hacia la cima de la tabla.