La campaña 1999-00 trajo una temporada de transición y decepción para el Athletic Bilbao, ya que Los Leones cayeron a un undécimo puesto en La Liga, la primera vez fuera de los diez primeros bajo el mando del entrenador Luis Fernández. Liderando el ataque estuvo el talentoso delantero Joseba Etxeberria, cuyos 12 goles en todas las competiciones fueron cruciales en una temporada marcada por la inconsistencia y el bajo rendimiento. Fue un año desafiante que llevó a la salida del experimentado técnico Luis Fernández, marcando la conclusión de un capítulo significativo en San Mamés y dando paso a un período de cambio.