La temporada 1999-00 fue muy ajetreada para el FC Metz, ya que Les Grenats disputaron cuatro competiciones, logrando finalmente un undécimo puesto en la Division 1. El punto culminante de la temporada fue una decidida carrera hasta la final de la Copa Intertoto de la UEFA antes de caer por poco ante el West Ham United. Al frente del ataque estaba el experimentado delantero Gérald Baticle, cuyos 6 goles en la liga resultaron ser un aporte fundamental, en un equipo que incluía figuras consolidadas como Sylvain Kastendeuch y talentos emergentes como Louis Saha. Fue un año de transición que vio a Les Grenats lograr una sólida posición en la mitad de la tabla y sigue siendo un capítulo definitorio de consolidación en su historia en la máxima categoría.