La temporada 1999-00 fue ajetreada para el FC Metz, ya que Les Grenats disputaron cuatro competiciones, logrando finalmente un undécimo puesto en la División 1. El punto culminante de la temporada fue una destacada trayectoria hasta la final de la Copa Intertoto de la UEFA, antes de caer por poco ante el West Ham United. Al frente del ataque estuvo el delantero veterano Gérald Baticle, cuyos 6 goles en la liga resultaron una contribución clave, en un equipo que incluía figuras consolidadas como Sylvain Kastendeuch y talentos emergentes como Louis Saha. Fue un año de transición que vio a Les Grenats alcanzar una sólida posición en la mitad de la tabla y sigue siendo un capítulo definitorio de consolidación en su historia en la máxima categoría.