La temporada 1999-00 significó una histórica y vital temporada de debut para el Málaga CF en la 'Liga de las Estrellas', ya que los Boquerones, recién ascendidos, aseguraron firmemente su permanencia en la máxima categoría con un duodécimo puesto. Liderando la ofensiva estuvo el sensacional delantero hispano-brasileño Catanha, cuyos 24 goles en liga, empatándolo en el segundo lugar de toda la división, resultaron cruciales en una campaña construida sobre momentos históricos, incluyendo una histórica victoria por 2-1 sobre el Barcelona en el Camp Nou, convirtiéndolo en un año orgulloso e inolvidable que cimentó la nueva era del club en La Liga. La temporada 2000-01 significó una excepcional temporada de consolidación para el Málaga, ya que los Boquerones ascendieron a un impresionante octavo puesto en La Liga, acercándolos a un puesto europeo. Liderando la ofensiva estuvo el prolífico panameño Julio Dely Valdés, cuyos 16 goles fueron el pilar de la letal dupla de ataque 'Doble D' que formó con Darío Silva. La campaña estuvo definida por momentos emocionantes, incluyendo el hat-trick de Dely Valdés (con una famosa chilena) contra el subcampeón europeo Valencia, y Darío Silva anotando uno de los goles más rápidos en la historia del fútbol español. Fue un año crucial que vio al club establecer su posición en la máxima categoría, un capítulo definitorio que también incluyó la convocatoria de Francisco Rufete a la Selección Nacional de España.