La campaña 1999-00 le brindó al Real Zaragoza una temporada brillante e inolvidable, con Los Maños asegurando un magnífico 4º puesto en una histórica campaña de La Liga. Liderando el ataque estuvo el certero delantero serbio Savo Milošević, cuyos 21 goles en liga fueron la fuerza impulsora detrás de una temporada de notable regularidad. El equipo, de forma célebre, perdió la menor cantidad de partidos en la liga y propinó una asombrosa goleada de 5-1 al Real Madrid en el Bernabéu. Aunque se les negó agónicamente un codiciado puesto en la Champions League por una tecnicidad, este año de gran ambición y estilo ofensivo sigue siendo un capítulo definitorio en la historia de Los Maños. La campaña 2000-01 le brindó al Real Zaragoza un glorioso, quinto trofeo de la Copa del Rey, ya que Los Maños aseguraron una victoria de 3-1 sobre el Celta de Vigo en la Final en Sevilla. Este triunfo copero proporcionó un espectacular lado positivo a una temporada por lo demás turbulenta en La Liga, donde el equipo terminó en un dramático 17º puesto y evitó por poco el descenso. Liderando la carga copera y aportando goles vitales a lo largo de la temporada estuvo Paulo Jamelli, quien anotó 13 goles en liga y marcó un penal crucial en la memorable Final. Fue un año desafiante definido por la gloria copera que sigue siendo un capítulo definitivo en la historia moderna del club.