La campaña 1999-00 brindó una temporada extraordinaria e histórica para el Deportivo Alavés, ya que los Babazorros, en solo su segunda campaña de regreso a la máxima categoría, lograron un espectacular sexto puesto en La Liga. Esta notable posición aseguró la primera clasificación del club para la Copa de la UEFA. La campaña se construyó sobre una clase magistral defensiva, con el portero Martín Herrera ganando el prestigioso Trofeo Zamora por el menor promedio de goles encajados por partido, y estuvo anclada en ataque por el veterano delantero centro Julio Salinas, cuyos 8 goles fueron fundamentales en su última temporada profesional. Fue un año memorable y sorprendente de superación que sentó las bases para la inolvidable trayectoria del club hasta la final de la Copa de la UEFA la temporada siguiente. La campaña 2000-01 brindó una de las temporadas más legendarias en la historia del Alavés, ya que los Babazorros terminaron décimos en La Liga mientras se embarcaban en una increíble racha en su campaña europea de debut. Llegaron a la final de la Copa de la UEFA, un espectáculo caótico y glorioso donde perdieron por poco 5-4 en la prórroga ante el Liverpool a través de un autogol de oro después de un sensacional empate 4-4. Liderando este viaje de cuento de hadas estuvo el prolífico delantero Javi Moreno, cuyos 22 goles en La Liga resultaron vitales junto con sus 6 goles en Europa, en una temporada construida sobre la eliminación de gigantes y un inolvidable estilo ofensivo. Fue un año dorado que marcó la llegada del club al escenario europeo y sigue siendo una de las mejores finales en la historia del torneo. La campaña 2001-02 brindó una temporada crucial de consolidación para el Alavés, ya que los Babazorros aseguraron un impresionante séptimo puesto en La Liga bajo el mando del entrenador Mané. Esta posición les valió inesperadamente un segundo boleto consecutivo para la Copa de la UEFA, clasificándose como el equipo mejor clasificado fuera de los puestos europeos tradicionales. Liderando la línea estuvo Magno Mocelin, cuyos 7 goles fueron vitales para el equipo en un año que consolidó con éxito su lugar en la máxima categoría española inmediatamente después de su legendaria trayectoria hasta la final de la Copa de la UEFA de 2001.