La campaña 2000-01 asestó un golpe devastador al Napoli, ya que los Partenopei terminaron en un aplastante 17º puesto en la Serie A, lo que resultó en su descenso inmediato a la Serie B. Liderando el ataque estaba el delantero veterano Nicola Amoruso, cuyos 10 goles resultaron cruciales pero, en última instancia, insuficientes en una campaña marcada por constantes cambios de entrenador e inestabilidad. Fue un año oscuro y turbulento que marcó un rápido final a su breve regreso a la máxima categoría y sigue siendo un capítulo doloroso en la historia moderna del club. La campaña 2001-02 fue una temporada de ambición inmediata y agonizante para el Napoli, ya que los Partenopei buscaban un rápido regreso a la máxima categoría, tras haber descendido recientemente de la Serie A. Finalmente terminaron en un competitivo 5º puesto en la Serie B, perdiendo por poco el puesto de ascenso por un puñado de puntos después de un tropiezo al final de la temporada. Liderando el ataque estaba el prolífico delantero Roberto Stellone, cuyos 13 goles en todas las competiciones anclaron el ataque en una campaña construida sobre la ferviente esperanza de un rápido resurgimiento. Fue un año frustrante que terminó con la renuncia del entrenador Luigi De Canio, pero sigue siendo un capítulo crucial en el difícil camino del club para recuperar su lugar en la máxima categoría del fútbol italiano.