La temporada 2002-03 trajo una temporada de angustia y el eventual descenso para el Atalanta, ya que La Dea finalizó en el puesto 15 de la Serie A, una posición que los obligó a un devastador repechaje contra el Reggina, el cual finalmente perdieron. A pesar del ajustado total de puntos, que los dejó a solo cuatro de terminar en la mitad superior de la tabla, el club descendió a la Serie B. Liderando la carga estuvo el talismán Cristiano Doni, cuyos 10 goles en la liga fueron un raro punto brillante en un año tumultuoso que marcó la pérdida de jugadores clave y un final temporal a su paso por la Serie A.