La temporada 2002-03 le brindó el triunfo supremo al Auxerre, ya que L'AJA conquistó el trofeo de la Copa de Francia, derrotando al Paris Saint-Germain 2-1 en una dramática final gracias a goles agónicos de Djibril Cissé y Jean-Alain Boumsong. Bajo la legendaria dirección técnica de Guy Roux, el equipo también aseguró un competitivo sexto puesto en la recién rebautizada Ligue 1, lo que los clasificó para la Copa de la UEFA y los dejó igualados en puntos con el cuarto lugar. Al frente del ataque estaba el joven y electrizante delantero Djibril Cissé, cuyos 14 goles en liga (21 en total) fueron un factor determinante en un año en el que el club también se midió en la Champions League y alcanzó la Cuarta Ronda de la Copa de la UEFA, marcando un hito en el rico historial del AJA.