La campaña 2002-03 para El Submarino Amarillo fue una temporada de consolidación en La Liga, ya que el club terminó decimoquinto, asegurando un puesto crucial en la Copa Intertoto para el verano siguiente. El ataque estuvo liderado por los máximos goleadores conjuntos Jorge López y Víctor Fernández, quienes anotaron 8 goles clave cada uno en la liga, manteniendo la categoría del club. Si bien la temporada nacional fue inconsistente bajo los entrenadores Víctor Muñoz y Benito Floro, el año fue fundamental para su historia europea, ya que compitieron en la Copa Intertoto de la UEFA al comienzo de la temporada, perdiendo la final por poco ante sus compatriotas del Málaga.