La temporada 2003-04 significó un inesperado, pero vital, regreso inmediato a la máxima categoría para el Atalanta, ya que La Dea terminó en un respetable quinto puesto en la Serie B. Este crucial ascenso a la Serie A se logró gracias a la expansión de la primera división italiana de 18 a 20 equipos, lo que otorgó un salvavidas de último momento al conjunto que había flaqueado después de Navidad. Liderando la exitosa campaña estuvieron los máximos goleadores del equipo, Igor Budan y el veterano Carmine Gautieri, quienes marcaron 11 goles cada uno. Fue un año decisivo que vio al club reestablecer inmediatamente su lugar entre la élite.