Durante la temporada 2003-04, el FC Hansa Rostock terminó en el 9º puesto de la Bundesliga, la máxima categoría del fútbol alemán. Dirigido durante la campaña principalmente por Juri Schlünz, el equipo consiguió 44 puntos con 12 victorias, 8 empates y 14 derrotas. Tuvieron un buen desempeño en casa, en el Ostseestadion, con 10 victorias, sumando 31 puntos frente a sus aficionados, aunque les costó más de visitante con solo 2 victorias fuera de casa. Este estable puesto de mitad de tabla fue un punto destacado durante los diez años del club en la máxima categoría antes de su posterior declive.