La campaña 2003-04 vio al Vicenza asegurar un seguro decimotercer puesto en una temporada históricamente tumultuosa de la Serie B. La liga se expandió caóticamente a un masivo de 24 equipos y constó de un número sin precedentes de 46 jornadas debido al 'Caso Catania' y controversias relacionadas. Liderando la ofensiva de los Biancorossi estuvo el delantero Massimo Margiotta, cuyos 11 goles resultaron vitales en un año definido por su extensión y la exitosa navegación del club en la caótica segunda división, manteniéndose a salvo en la categoría a pesar de la dramática agitación extradeportiva. La campaña 2004-05 fue una temporada caótica y, en última instancia, desgarradora para el Vicenza, con los Biancorossi terminando en el puesto 17 en una turbulenta Serie B que estuvo marcada por el drama extradeportivo. Encabezando el ataque estuvo el delantero veterano Stefan Schwoch, cuyos 12 goles cruciales en la liga, apoyados por los 10 de Massimo Margiotta, no fueron suficientes para salvar al equipo de un tenso play-out de descenso. La temporada, que vio al club comenzar bajo un nuevo entrenador, Maurizio Viscidi, terminó en un devastador descenso a la Serie C1, marcando un capítulo doloroso y definitorio en la historia del club.