La temporada 2005-06 significó un doloroso regreso de una sola temporada a La Liga para el Alavés, ya que los Babazorros terminaron en el puesto 18 y descendieron inmediatamente de nuevo a la Segunda División. Habiendo logrado el ascenso justo el año anterior, la temporada estuvo marcada por una grave inestabilidad directiva bajo la controvertida presidencia de Dmitry Piterman. A pesar del caos, el delantero australiano John Aloisi, que llegó como agente libre, demostró su valía al anotar 10 goles cruciales, pero sus esfuerzos no fueron suficientes para salvar al club del descenso tras una dramática lucha por la permanencia. Fue un año turbulento que vio cómo se apagaban las brillantes esperanzas del club, marcando un final temporal a sus sueños de máxima categoría.