La campaña 2005-06 le dio una gloria europea sin precedentes al Villarreal, ya que El Submarino Amarillo llegó hasta las semifinales de la UEFA Champions League en su debut. Al frente estaba su maestro argentino, Juan Román Riquelme, cuyos 12 goles en liga fueron vitales en una campaña construida sobre el talento y la brillantez táctica de Manuel Pellegrini. Fue un año destacado que vio su sueño europeo terminar en desilusión cuando Riquelme falló un penal en el último minuto contra el Arsenal; sin embargo, esta inolvidable trayectoria sigue siendo un capítulo definitorio y dorado en la historia moderna del club, a pesar de haber terminado en el 7º puesto a nivel local.