La campaña 2005-06 fue una temporada sólida y competitiva para el FC Utrecht, ya que los Domstedelingen finalizaron en la sexta posición de la Eredivisie. Esta ubicación les valió un lugar en los play-offs de la Copa de la UEFA, donde finalmente no lograron asegurar su participación en competiciones europeas. El líder del ataque fue el confiable delantero Robin Nelisse, cuyos 9 goles en la liga resultaron vitales en una campaña cimentada en una defensa férrea y su mejor puesto en la liga en cuatro temporadas. Fue un capítulo definitorio que consolidó su estatus como un equipo habitual en la parte alta de la tabla del fútbol neerlandés. La campaña 2006-07 fue una temporada de mucha lucha para el FC Utrecht, con los Domstedelingen logrando finalmente un respetable noveno puesto en la Eredivisie. El referente en ataque fue Tom Caluwé, cuyos 7 goles cruciales en la liga fueron el pilar del ataque. El éxito de la temporada se definió finalmente por su dramática victoria en los play-offs de fin de temporada sobre el Vitesse Arnhem, que les aseguró un codiciado lugar en la Copa Intertoto de la UEFA y marcó una exitosa batalla por un puesto en la competición europea.