La temporada 2006-07, el 1860 Múnich logró una respetable ubicación en la mitad de la tabla, finalizando en el 8º puesto de la 2. Bundesliga mientras el club buscaba consolidar su posición. Al frente del ataque de Los Leones estuvo el talentoso Berkant Göktan, cuyos 10 goles fueron un aporte fundamental. Fue una temporada de promesas y desarrollo, sentando una base sólida mientras el club soñaba con un regreso a la primera división, lo cual sigue siendo una parte clave de su historia moderna.