La campaña 2006-07 marcó un glorioso regreso a la máxima categoría para el Atalanta, ya que La Dea, en su primera temporada de vuelta en la Serie A, aseguró un muy respetable octavo puesto bajo la dirección del entrenador Stefano Colantuono. Al frente de la ofensiva estuvo la querida leyenda y capitán del club que regresaba, Cristiano Doni, cuyos 13 goles cruciales en liga fueron el pilar del ataque y marcaron un brillante rejuvenecimiento personal. En una temporada definida por las consecuencias del Calciopoli, que vio a sus rivales con puntos descontados, el Atalanta consiguió victorias memorables contra gigantes como el AC Milan y la Roma, estableciendo una base sólida para su permanencia continua en la élite.