La campaña 2006-07 para el Barnet resultó en una posición segura en la mitad de la tabla, ya que los Bees terminaron en un respetable 14º lugar en la League Two bajo la experimentada dirección del entrenador Paul Fairclough. Esta temporada se definió principalmente por una histórica participación en la FA Cup que llevó al club a la Cuarta Ronda por primera vez, incluyendo una dramática victoria por 4-1 sobre el Northampton Town. Liderando la carga en la liga estuvieron los máximos goleadores conjuntos Adam Birchall y Trésor Kandol, cuyos 6 goles cada uno resultaron cruciales en una campaña llena de espíritu, construida sobre la consolidación y las sorpresas en la copa. Fue un año destacado que aseguró el estatus de los Bees en la League Two y proporcionó un nuevo y definitorio capítulo de gloria en la copa.