La temporada 2006-07 fue una temporada de dramática turbulencia para el Bayern Múnich, ya que el FCB terminó en un decepcionante cuarto puesto en la Bundesliga, lo que les aseguró la clasificación para la Copa de la UEFA pero les costó un lugar en la Liga de Campeones. La temporada estuvo definida por el despido a mitad de temporada del entrenador Felix Magath, quien fue reemplazado por la leyenda del club que regresaba, Ottmar Hitzfeld. A pesar de las dificultades a nivel local y una eliminación en la tercera ronda de la DFB-Pokal, el equipo tuvo una inolvidable campaña en la Liga de Campeones, llegando a los Cuartos de Final, destacada por una famosa victoria en Octavos de Final sobre el Real Madrid, donde el letal delantero Roy Makaay anotó el gol más rápido en la historia de la Liga de Campeones (10.12 segundos). Makaay lideró al equipo con 16 goles en liga en un año que sigue siendo un capítulo turbulento pero memorable en la historia del club.