La temporada 2006-07 fue turbulenta y difícil para el Borussia Dortmund, ya que Los Schwarzgelben terminaron en un decepcionante noveno puesto en la Bundesliga, su peor posición en la liga en siete años. El año estuvo marcado por una significativa inestabilidad en la dirección técnica, con el club recurriendo finalmente a Thomas Doll a finales de temporada para alejarlos de una posible lucha por el descenso. Liderando el ataque y demostrando ser la chispa crucial del equipo fue el nuevo delantero centro suizo Alexander Frei, cuyos 16 goles fueron el pilar del ataque. Fue una temporada desafiante de transición que demostró la garra del plantel al lograr asegurar un puesto en la mitad de la tabla.