La temporada 2006-07 fue una campaña turbulenta de esperanzas de ascenso frustradas para el FC Köln, ya que Los Chivatos terminaron novenos en la 2. Bundesliga después de su descenso de la máxima categoría. Su joven delantero estrella, Patrick Helmes, estuvo brillante, anotando 14 goles, pero una crucial fractura en el pie al principio de la temporada lo dejó fuera de juego durante cuatro meses, lo que descarriló drásticamente el buen comienzo del equipo. Sin embargo, la llegada a mitad de temporada del legendario entrenador Christoph Daum estabilizó al club y sentó las bases vitales para un exitoso impulso de ascenso de regreso a la Bundesliga la temporada siguiente.