La campaña 2006-07 trajo consigo una gran ambición y una desilusión rotunda para Les Sang et Or, que terminaron en un competitivo quinto puesto en la Ligue 1, perdiendo por un solo punto un lugar en la Champions League y asegurando en su lugar la clasificación para la Copa Intertoto. El equipo, dirigido por el entrenador Francis Gillot y el capitán Seydou Keita, comenzó la temporada en una forma sensacional, manteniéndose entre los tres primeros durante la mayor parte del año. Encabezando el ataque estuvo el prolífico dúo de Seydou Keita y Aruna Dindane, quienes anotaron 11 goles cruciales en la liga cada uno. La temporada también incluyó una memorable trayectoria hasta los octavos de final de la Copa de la UEFA, convirtiéndola en un capítulo definido por una prometedora aventura europea y un dramático bajón en la liga que culminó con la renuncia de Francis Gillot al final de la temporada.