La campaña 2006-07 significó una reñida permanencia en la League One para el Leyton Orient, ya que "The O's" lograron asegurar su permanencia en la tercera división en su primera temporada tras el ascenso, terminando en un crucial vigésimo puesto. Liderando la ofensiva con goles vitales estuvo el popular delantero Gary Alexander, cuyas 12 anotaciones en liga resultaron decisivas en una campaña basada en pura garra y la dirección técnica de Martin Ling. A pesar de las tempranas eliminaciones en copa, fue un año tenso pero finalmente exitoso que marcó la lucha del club por consolidar su posición en el fútbol profesional y sigue siendo un capítulo definitorio en su historia moderna.