La temporada 2006-07 significó un final devastador y turbulento para el Messina, ya que los Giallorossi terminaron en un aplastante 20º puesto en la Serie A, lo que resultó en su descenso a la segunda división. En medio del caos de una temporada que vio pasar a tres entrenadores diferentes, la única luz brillante del club fue el delantero talismán Christian Riganò, cuyos espectaculares 19 goles en liga resultaron decisivos, lo que le valió el tercer puesto en la carrera por el Capocannoniere a pesar de una prolongada baja por lesión. Fue un año oscuro que marcó el final del breve regreso del club a la máxima categoría y presagió la grave crisis financiera que pronto definiría este doloroso capítulo en su historia moderna.