La campaña 2006-07 para el Boro estuvo definida por el controvertido pero audaz nombramiento del capitán del club, Gareth Southgate, como director técnico, quien se retiró de la actividad como jugador para tomar las riendas. El equipo finalmente aseguró un sólido duodécimo puesto en la Premier League, atravesando una temporada de transición que siguió a una aparición en la final de la Copa de la UEFA. Liderando la ofensiva con su característica potencia estuvo el veterano delantero australiano Mark Viduka, cuyos 14 goles en liga resultaron vitales en un año centrado en la adaptación de fichajes clave como Jonathan Woodgate y Robert Huth, al mismo tiempo que brindaba un escenario para talentos emergentes como Lee Cattermole.