La campaña 2006-07 fue una primera temporada turbulenta de regreso en la League One para el Northampton Town, que finalmente consolidó su posición con un 14º puesto después de su reciente ascenso. El año estuvo marcado por cambios en la dirección técnica, con John Gorman siendo reemplazado a mitad de temporada por Stuart Gray, y la sonada partida a mitad de campaña del delantero talismán Scott McGleish. A pesar de la agitación y una racha difícil de resultados como local, los 12 goles de McGleish en la liga fueron vitales, y los recién ascendidos Cobblers lucharon con éxito para asegurar su permanencia, estableciendo su lugar en la tercera categoría.