La campaña 2006-07 trajo una temporada de dramático resurgimiento y, en última instancia, amargura para el Oxford United, ya que Los Us, recién descendidos y el primer exganador de un trofeo importante en este nivel, aseguraron un excelente segundo puesto en la Conference National. La temporada estuvo definida por una notable transformación en la segunda mitad bajo la dirección del entrenador Jim Smith, que incluyó una racha invicta de 17 partidos que hizo que el club escalara posiciones en la tabla, jugando consistentemente ante las mayores concurrencias de la liga. Liderando la ofensiva estuvo el prolífico delantero Robert Duffy, cuyos 18 goles resultaron vitales en su impulso. Sin embargo, su sueño de un regreso inmediato a la Football League terminó en una agonizante derrota en la semifinal del play-off por penales ante su rival Exeter City, marcando un capítulo doloroso e inolvidable en la historia moderna del club.