La temporada 2006-07 trajo una lucha dramática y desesperada por la supervivencia para el Macclesfield Town, con Los Silkmen terminando finalmente en un peligroso 22º puesto en la League Two, solo dos puntos por encima de la zona de descenso. El año estuvo marcado por un enorme cambio a mitad de temporada bajo el nuevo entrenador Paul Ince, quien orquestó una brillante racha invicta de 10 partidos para sacar al club del fondo de la tabla y asegurar su permanencia en la Football League. El máximo goleador del club fue Kevin McIntyre, cuyos 9 goles resultaron vitales en la desesperada batalla por evitar el descenso. El verdadero punto culminante de la temporada fue una inolvidable campaña en la FA Cup que culminó en un atractivo partido de tercera ronda como visitante contra los gigantes de la Premier League, el Chelsea. La temporada 2007-08 trajo una tensa y exitosa batalla para el Macclesfield Town, ya que Los Silkmen aseguraron un crucial decimonoveno puesto en la League Two para mantener su estatus profesional. La temporada estuvo marcada por la turbulencia, con el club experimentando un cambio de entrenador de Ian Brightwell al difunto y gran Keith Alexander a mitad de camino. Liderando el ataque y proporcionando la chispa ofensiva vital fue el delantero centro Francis Green, cuyos 11 goles resultaron decisivos en una temporada construida sobre pura garra y una lucha colectiva por la supervivencia. Fue un año estresante que finalmente terminó en triunfo, marcando un capítulo definitorio de resiliencia para el club.