En la temporada 2006, los Xeneizes disfrutaron de un comienzo espectacular en el Apertura, ganando sus primeros cinco partidos consecutivos bajo el exitoso liderazgo del entrenador Alfio Basile. Tras la partida de Basile, Ricardo La Volpe asumió para guiar al equipo. Entre los miembros clave del plantel se encontraba el prolífico delantero Martín Palermo, quien anotó en la final del Apertura, junto a destacados colaboradores como Pablo Ledesma, Guillermo Barros Schelotto y Rodrigo Palacio.