La temporada 2008-09 le valió a Atalanta una respetable ubicación en la mitad de la tabla, con La Dea asegurando el undécimo puesto en la Serie A, su tercera temporada consecutiva en la máxima categoría. Al frente de la ofensiva estuvo el goleador implacable Sergio Floccari, cuyos 12 goles fueron vitales en una temporada construida sobre un formidable récord como local bajo la dirección técnica de Luigi Delneri. Fue un año destacado que sigue siendo más recordado por la espectacular victoria por 3-1 sobre el eventual campeón de José Mourinho, el Inter de Milán, un resultado celebrado como una obra maestra táctica.