La campaña 2008-09 fue una temporada de dramática agitación y transición para el Bayern Múnich, ya que Der FCB terminó 2º en la Bundesliga, quedándose finalmente sin el título ante el sorprendente VfL Wolfsburg. El año comenzó con el nuevo entrenador Jürgen Klinsmann al mando, pero su ambiciosa y desafortunada gestión terminó abruptamente en abril tras una serie de dolorosas derrotas, incluyendo una aplastante caída por 5-1 ante los eventuales campeones y una humillante derrota por 4-0 ante el Barcelona que los vio salir de la Champions League en los cuartos de final. Liderando el ataque estuvo el clínico Luca Toni, cuyos 14 goles en liga fueron vitales, pero la gran importancia de la temporada para el futuro fue el debut en la Bundesliga de un joven y emergente talento llamado Thomas Müller. El club aseguró su clasificación a la Champions League gracias a la influencia estabilizadora del interino Jupp Heynckes en las últimas semanas de una campaña definida por un gran dramatismo y una inolvidable victoria global récord sobre el Sporting CP en los octavos de final europeos.