La temporada 2008-09 fue una de desoladora decepción para el FC Nantes, ya que Les Canaris, recién ascendidos de nuevo a la Ligue 1, cayeron al puesto 19 y descendieron inmediatamente a la segunda división una vez más. A pesar del optimismo veraniego impulsado por el fichaje de alto perfil de la estrella croata Ivan Klasnić, el año estuvo definido por la inestabilidad en la dirección técnica y la incapacidad para encontrar regularidad. El máximo goleador fue el veterano Mamadou Bagayoko, cuyos 7 goles cruciales fueron un factor decisivo en la lucha por la permanencia, que terminó en desazón en la última jornada. Sigue siendo un capítulo doloroso e inolvidable que vio truncado el breve regreso del histórico club a la máxima categoría, culminando notablemente con la última aparición de la leyenda del club Frédéric Da Rocha.