La campaña 2011-12 le dio un respetable quinto puesto a Die Werkself, asegurando un lugar en la Europa League a pesar de un turbulento cambio de entrenador a mitad de temporada. Liderando la ofensiva estuvo el prolífico Stefan Kießling, cuyos 16 goles lo establecieron como el máximo goleador alemán en una temporada definida por su consistencia ofensiva y la presencia veterana de Michael Ballack. La campaña también incluyó una memorable, aunque humillante, participación en los octavos de final de la UEFA Champions League contra el arrollador Barcelona de Lionel Messi. Fue un año de transición que sentó las bases para la siguiente fase del club. La campaña 2012-13 significó un regreso triunfal a la Champions League para el Bayer Leverkusen, ya que Die Werkself aseguró un sólido tercer puesto en la Bundesliga. Liderando la ofensiva estuvo el clínico delantero veterano Stefan Kießling, cuyos notables 25 goles le valieron la codiciada Bota de Oro de la Bundesliga. Este triunfo personal se concretó en la última jornada con un gol decisivo contra el Hamburgo que aseguró su plaza de clasificación automática. El equipo, con talentos emergentes como André Schürrle y Dani Carvajal, terminó como el "mejor del resto" detrás de los dos primeros, marcando un capítulo definitorio de estatus europeo renovado para el club.