La temporada 2011-12 culminó con un respetable quinto puesto para el Die Werkself, asegurando un lugar en la Europa League a pesar de un turbulento cambio de entrenador a mitad de temporada. Al frente estuvo el prolífico Stefan Kießling, cuyos 16 goles lo consolidaron como el máximo goleador alemán en una temporada definida por su consistencia ofensiva y la presencia veterana de Michael Ballack. La campaña también incluyó una memorable, aunque aleccionadora, participación en los octavos de final de la UEFA Champions League contra el arrollador Barcelona de Lionel Messi. Fue un año de transición que sentó las bases para la siguiente fase del club.