La campaña 2012-13 le dio a Gillingham un triunfal y tan esperado campeonato de la League Two, marcando su primer título de liga en casi 50 años. Bajo la apasionada dirección del entrenador Martin Allen, Los Gills alcanzaron el primer puesto, asegurando el ascenso con un empate crucial contra el AFC Wimbledon en el penúltimo partido. Liderando la ofensiva estuvo su delantero talismán Danny Kedwell, cuyos 14 goles en liga resultaron decisivos en una campaña construida sobre la solidez defensiva, dirigida por el capitán Adam Barrett y el portero del Equipo del Año de la PFA, Stuart Nelson, y una increíble racha de 14 partidos invictos como visitante. Fue un año histórico que restableció el estatus del club y sigue siendo un capítulo glorioso y definitorio para los fieles de Los Gills.