La campaña 2012-13 para el Kilmarnock, bajo el mando del entrenador Kenny Shiels, vio a "The Killie" atravesar una temporada de transición para asegurar un noveno puesto en la Scottish Premier League. Como campeones defensores de la Copa de la Liga, sus participaciones en las copas fueron frustrantemente cortas, pero la garra del equipo aseguró su permanencia en la máxima categoría. Liderando el ataque estuvieron los máximos goleadores conjuntos de la liga, Cillian Sheridan y el confiable Paul Heffernan, quienes anotaron 9 goles cruciales cada uno. Este año demostró la resiliencia del equipo y marcó su última temporada en la antigua estructura de la SPL.