La temporada 2012-13 significó un exitoso regreso a la máxima categoría para el Bastia, ya que Les Bleus aseguraron cómodamente su permanencia en la Ligue 1, terminando en un respetable 12º puesto en su primera temporada tras el ascenso. La salvación del conjunto corso estuvo cimentada en el impresionante resurgimiento del delantero Anthony Modeste, cuyos 15 goles en liga, más de un cuarto del total del equipo, proporcionaron la plataforma ofensiva vital. Apoyado por la experiencia del veterano gran pasador Jérôme Rothen y el talento emergente del joven extremo Florian Thauvin, el equipo también disfrutó de una buena campaña en la Copa de la Liga, llegando a cuartos de final, lo que marcó un capítulo positivo y definitorio en la historia moderna del club.