La temporada 2013-14 le dio al Beşiktaş un muy respetable tercer puesto en su 110ª temporada, lo que aseguró una plaza clave en las rondas clasificatorias de la UEFA Champions League. Liderando el ataque estuvo el potente delantero centro portugués Hugo Almeida, cuyos 14 goles en la Süper Lig sostuvieron el ataque en su última temporada completa en el club. Sin embargo, la temporada estuvo dramáticamente marcada por un importante revés extradeportivo, ya que las Águilas Negras fueron trágicamente expulsadas de la UEFA Europa League por el Tribunal de Arbitraje Deportivo, a pesar de haber derrotado al Tromsø en la ronda de Play-off, debido a una sanción previa por arreglo de partidos.