La temporada 2015-16 vio al Lincoln City consolidar su posición en la quinta división, terminando 13º en la National League. La temporada estuvo marcada por la llegada del futuro ídolo de culto Matt Rhead, cuyos prolíficos 20 goles en liga en su año de debut demostraron su inmenso valor como delantero de referencia con un toque sutil. Aunque el final fue a mitad de tabla, este año bajo el mando del entrenador Chris Moyses resultó ser un período crucial de estabilización y construcción del núcleo fundamental que allanaría el camino para el posterior ascenso histórico de The Imps y su regreso a la Football League. La temporada 2016-17 fue una campaña legendaria y milagrosa para el Lincoln City, ya que The Imps, bajo la brillante dirección de los hermanos Cowley, se alzaron con el título de la National League con 99 puntos, asegurando un histórico regreso a la Football League después de una ausencia de seis años. Liderando la ofensiva estaba el querido delantero centro Matt Rhead, cuyos 15 goles en liga y su inmensa presencia física resultaron decisivos en su dominante desempeño en la liga. La temporada fue verdaderamente inmortalizada por su épica trayectoria en la FA Cup, que los vio convertirse en el primer equipo no perteneciente a la liga en 103 años en alcanzar los Cuartos de Final, con victorias de "matagigantes" sobre equipos del Championship y una asombrosa victoria por 1-0 contra el Burnley de la Premier League, creando un capítulo inolvidable en la historia del club.