La temporada 2016-17 trajo una gran desilusión para el 1860 Múnich, ya que Los Leones terminaron en un peligroso 16º puesto en la 2. Bundesliga. El equipo, gracias a los 8 goles cruciales de Michael Liendl, enfrentó un repechaje por la permanencia a todo o nada que terminó en una aplastante derrota como local contra el Jahn Regensburg. Este fracaso deportivo se vio dramáticamente agravado por la posterior negativa del inversor Hasan Ismaik a pagar la cuota de licencia requerida, lo que resultó en un descenso administrativo a la cuarta categoría, la Regionalliga Bayern. Fue un año devastador e inolvidable que vio al histórico club tocar su punto más bajo en la historia moderna.