La campaña 2016-17 fue una temporada turbulenta y de transición para el Bayer Leverkusen, con Die Werkself finalmente terminando en el puesto 12 de la Bundesliga tras el despido a mitad de temporada del entrenador Roger Schmidt. A pesar de las dificultades a nivel local, el equipo mostró resiliencia en Europa, manteniéndose invicto en la fase de grupos de la Champions League antes de ser eliminado en los octavos de final por el Atlético de Madrid. Liderando la ofensiva estuvo el letal delantero mexicano Javier 'Chicharito' Hernández, cuyos 11 goles en liga fueron el pilar del ataque. La temporada sigue siendo memorable por el surgimiento de un talento de 17 años, Kai Havertz, y por Karim Bellarabi al anotar el histórico gol número 50.000 de la Bundesliga, marcando un capítulo desafiante pero significativo para el club.