La campaña 2016-17 trajo una temporada de mucha turbulencia y una eventual consolidación en la mitad de la tabla para el MK Dons, ya que "The Dons" aseguraron un respetable 12º puesto en su primera temporada de regreso en la League One. El año estuvo marcado por un cambio crítico en la dirección técnica, con el despido del incondicional del club Karl Robinson y la posterior llegada de Robbie Neilson, quien alejó al equipo de la lucha por el descenso. Liderando el ataque estuvo el prolífico Kieran Agard, cuyos 12 goles cruciales en liga (14 en total) proporcionaron la chispa ofensiva vital. Fue un año fundamental basado en superar la inestabilidad inicial y sigue siendo un capítulo definitorio en el esfuerzo del club por restablecer su posición en la tercera división.