La temporada 2016-17 fue una temporada de consolidación turbulenta para el Northampton Town, marcando el primer regreso de "The Cobblers" a la League One después del ascenso. A pesar de la incertidumbre inicial tras la partida del entrenador Chris Wilder, el equipo logró terminar en un luchado 16º puesto, evitando el descenso de forma segura después de que una mala racha a mitad de temporada llevara al nombramiento de Justin Edinburgh. Liderando la ofensiva goleadora en la liga estuvieron los máximos goleadores conjuntos Marc Richards y John-Joe O'Toole, quienes anotaron 10 goles cruciales cada uno, consolidando una temporada de transición que finalmente aseguró su permanencia en la tercera categoría.